Fåglar
Havsörn, roskarl, silltrut, skräntärna och berguv är några av de fåglar som anses vara mest skyddsvärda i skärgården. Exempel på värdefulla kustfågelmiljöer är mindre skär s.k. fågelskär, i yttersta havsbandet och grunda laguner och fjärdar. Längs Östgötakusten finns även flera värdefulla sträcklokaler. Här kan Ekudden vid Kvädö och Häradskär nämnas.
Havsörnen har börjat återhämta sig från bottennivåerna under 1960-70-talen. Detta är ett resultat av aktiva naturvårdsåtgärder som utfodring mm, samt sjunkande halter av miljögifter i Östersjön.
Ejdern är kustens vanligaste och Sveriges största andfågel, hannen kallas för guding och honom för åda. Tordmulor och grisslor hör också hemma i den här kategorin liksom den storvuxna skräntärnan.
Roskarlen kan man träffa på längs med hela kusten. Vanligen håller roskarlen till på stenig, grusig eller klippig strand där den söker födagenom att med den korta, kraftiga näbben vända på stenarna.
Livet i det bräckta havet
Skärgårdens vatten är bräckt, en blandning av söt och saltvatten. Östersjöns vatten är så uppblandat med sötvatten från de 250 älvar som mynnar ut i den att salthalten i stora delar av detta innanhav är mindre än 0,8 procent. Av alla växter och djur, lever de allra flesta i den grunda delen där solljuset når botten såsom blåstång, kransalger och ålgräs. I tångskogarna frodas smådjur och fiskyngel. Det är få arter som kan leva i en så ovanlig miljö som bräckt vatten. Det finns därför bara ca 80 olika större arter i östersjön.
Gråsälar
Sälstammen är numera tyvärr bara en spillra av vad den varit. Miljögifter, sjukdomar och jakt har stadigt minskat antalet sälar under 1900-talet. Mänsklig aktivitet i närheten av omtyckta uppehållsplatser har också på olika sätt påverkat sälarna. Den typiska skärgårdsarten gråsäl har minskat kraftigt under 1900-talet. Under de senaste decennierna har gråsälsbeståndet ökat i Bottniska viken, medan utvecklingen i södra Östersjön varit betydligt svagare. En förklaring kan vara en hög dödlighet bland ungarna. I Estland, där huvuddelen av föryngringen av gråsäl i södra och mellersta Östersjön ägt rum de senaste åren, har ett stort antal årsungar fastnat i fiskeredskap. Antalet gråsälar i Gryt – S:t Anna vid räkningarna i maj/juni 2002 blev 330 Individer.